取得的免税农产品普通发票不一定都可以抵扣增值税：若是取得自产自销的免税农产品普通发票可以抵扣增值税。但是若是取得的属于批发零售的免税农产品普通发票不可以抵扣增值。
我们拿到一张免税农产品普通发票，首先可以看看对方单位名称，一般来讲名称为某某农业公司、某某农民专业合作社、某某家庭农场、某某养殖场等，大部分属于自产自销的，当然还可以要求对方提供一定的自产自销证明比如种植基地的土地租赁协议等，来证明对方属于自产自销。
比如若是从自产自销的合作社购买的鸡蛋，取得的发票税率栏是免税字样，则超市可以抵扣9%的增值税。
若是从批发零售的单位购买的鸡蛋，取得的发票税率栏是免税字样，则超市不可以抵扣9%的增值税。
因此有的时候取得了免税农产品发票，但是也不得抵扣增值税，比如批发和零售的种子、种苗、化肥、农药、农机免征增值税，取得了这样的免税发票不得抵扣。
所以您的问题关键是判断个体户如果是自产自销，就可以抵扣，否则不可以。
