【国税函〔1996〕602号】 国家税务总局关于个人所得税偷税案件查处中有关问题的补充通知第三条规定，关于扣缴义务人的认定扣缴义务人的认定，按照个人所得税法的法规，向个人支付所得的单位和个人为扣缴义务人。由于支付所得的单位和个人与取得所得的人之间有多重支付的现象，有时难以确定扣缴义务人。为保证全国执行的统一，现将认定标准法规为：凡税务机关认定对所得的支付对象和支付数额有决定权的单位和个人，即为扣缴义务人。 农民工是分包公司招聘的，和分包公司是劳动关系，具体用工、派工等事项都是有分包公司负责，工程总承包单位仅仅是根据分包提供的考勤表、发放清册、委托代付协议等直接支付而已。 所以虽然，款项是总包支付，但是分包才是对支付数额有决定权的单位，所以个税由分包代扣代缴并申报。