稽查查补税款怎么申报增值税，以下仅供参考，具体以当地税务规定为准：
先到大厅打票缴税.
查增收入填在4栏或6栏(随填附表一),调减进项税填在附表二后计入14栏,应补税款填在16栏或22栏,已补税款填在37栏.
1.查补销项部分:第4栏、第6栏中"纳税检查调整的销售额"中填写对应数据
2.查补进项部分:第14栏及附属报表中填写相应数据
3.第16栏"按适用税率计算的纳税检查应补缴税额"中以及回第22栏中填写对应数据, 第37栏"本期入库查补税额"中填写对应数据,即可.
但我建议，因为申报期已过，只有税务同意才可以更正申报，您先咨询税务看能否更正申报，这样处理是最好的；如果更正申报不允许，您可以咨询一下税务如何申报。
