企业使用员工车辆，支付费用的方式不同，个人所得税的计算方式也不同。1.不签订租赁合同，费用实报实销。这种方式就是案例采取的方式，企业应根据个人所得税法的相关规定，按照“工资薪金”税目计算并代扣代缴个人所得税。2.签订租赁合同，向员工支付租赁费。这种方式下，员工收到租赁费用，应到税务机关就租赁行为代开发票，按照“有形动产租赁”税目缴纳增值税后，方能到企业报销相关运营费用。有了合同和缴税凭证，租赁行为才能被认定具有真实性。此时，企业支出的交通运营费用才能被认定为“与取得收入有关的支出”，允许在企业所得税税前列支。同时，企业向员工支付的租赁费用应按照个人所得税法中的“财产租赁”税目，适用20%税率代扣代缴个人所得税。还有就是企业和员工签订的车辆租赁协议，属于印花税规定的应税凭证，要按租赁金额的千分之一贴花。所以一般涉及印花税、个所税、增值税。案例如下，————案例：李某和万某是某事业单位员工，上班时间将私家车交由单位使用，双方约定车辆保险费、维修费、折旧费等由个人负责，每月车辆租金或补贴为2000元。万某与单位签订租赁合同，李某没签合同而是拿车辆补贴。2016年8月两人各发生一次车辆维修费500元。如上例，假设2016年8月李某和万某扣除“三险一金”后的月工资均是4800元，当地规定的公务交通费用扣除标准为每月500元。李某应缴纳个人所得税＝（4800＋2000－3500－500）×10%－105＝175（元）（注意目前个税是预扣预缴，起征点5000元，在计算时候以目前规定计算，这里略）。万某应按照财产租赁所得缴纳个人所得税，缴纳综合税率3.3%的增值税、城建税和教育费附加（为便于计算，不考虑含税换算）。则万某应缴纳综合税费＝2000×3.3%＝66（元），个人所得税＝（4800－3500）×3%＋（2000－2000×3.3%－800－500）×20%＝165.8（元），合计231.8元（66+165.8）。相比较，李某和万某两者相差56.8元（231.8－175）。假设万某所在地规定，其动产租赁除了缴纳综合税率3.3%的增值税、城建税和教育费附加外，还应预缴1.5%的个人所得税。则万某应缴纳综合税费＝2000×3.3%＝66（元）、个人所得税＝（4800－3500）×3%＋2000×1.5%＝69（元），合计135元（66＋69）。此时，李某和万某两者相差40元（175－135）。还有就是企业和员工签订的车辆租赁协议，属于印花税规定的应税凭证，要按租赁金额的千分之一贴花。好了上述资料仅供参考，具体实施以国家和当地规定为准。